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巴黎人注册送18何光明/邓兴旺团队揭示拟南芥内含子选择性剪接的调控机制

      选择性剪接是指基因表达过程中,前体mRNA内含子剪接时,选择不同剪接位点从而生成不同转录本的现象,是基因转录时加工后处理的一个重要步骤。选择性剪接能调控基因的表达和增加蛋白质产物的多样性,对细胞的生长和发育有着重要的影响。植物中存在大量的内含子选择性剪接现象,在植物的生长发育及应对外界胁迫反应中起十分重要的作用,然而其在基因组层面的调控机制并不清楚。

 

      何光明/邓兴旺课题组利用转录组测序的方法,对拟南芥Col-0以及其它四种生态型内含子选择性剪接的差异进行了分析。同时以Col-0为母本,配制了其余4种生态型与Col-0的杂交子一代,利用亲本和杂交子一代的转录组分析内含子选择性剪接的顺反式调控机制。研究表明,拟南芥中内含子选择性剪接的变化主要受到顺式效应的调控,与剪接位点周围基因组序列变化有关,且受到寡聚嘧啶序列的影响。基因功能富集分析发现,生态型间有选择性剪接差异的基因富集在胁迫响应相关通路中,而这些基因的表达水平在生态型间并没有差异。全基因组关联分析发现,基因组上一些影响剪接位点强度的序列变异同时也与胁迫响应有关。基于以上结果,作者认为植物中内含子选择性剪接的变化主要受到剪接位点周围基因组序列变异的顺式作用调控,在功能上可能与植物对外界刺激响应相关。

 


拟南芥不同生态型间内含子选择性剪接的变化主要受顺式作用调控


      该项研究成果于2018年12月15日以“Cis-regulated alternative splicing divergence and its potential contribution to environmental responses in Arabidopsis”为题正式发表在The Plant Journal期刊上。巴黎人注册送18生命科学学院博士后王训成、杨玫和博士生任荻秋为本文的共同第一作者。巴黎人赌场官方网站、巴黎人注册送18生命科学学院何光明副研究员和邓兴旺教授为本文的共同通讯作者。该项工作得到了科技部国家重点研发计划、国家自然科学基金、蛋白质与植物基因研究国家重点实验室和北大-清华生命科学联合中心的资助。
原文链接:https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/tpj.14142